A templom előcsarnokából keleti irányba nyíló mellékkápolnát elkészülte óta többször is átalakították. 1806-ban Luprecht Ferenc plébános újjáépíttette főoltárát, és itt helyezte el a Szenvedő (Megostorozott) Krisztus barokk szobrát, Pfürsting Katalin adományát és egy Szűz Mária szobrot, Bergerné adományát. (Ma mindkettő a templom főhajójában, a mellékoltároknál található.) 1933-ban az első világháborúban elhunyt Hősök kápolnájának rendezték be. A helyiséget új szentélyzáródással rövidítették le, és ott helyezték azt a neogótikus oltárt, amely korábban a Szarajevóban meggyilkolt Ferenc Ferdinánd trónörökös birtokában volt. A Szent Anna templomnak Scitovszky Tibor külügyminiszter ajándékozta a háborúban elhunyt bátyja, Scitovszky János honvéd huszárszázados emlékére. A kápolna 1932 végén már majdnem készen állt, de a nedvesség miatt csak 1933. február 5-én került sor fölavatására és megáldására. Az ünnepség celebránsa Mészáros János érseki helynök volt, aki először csendes szentmisét mondott (eközben a templom kórusa egyházi énekeket adott elő), majd szentbeszédet tartott, végül megáldotta a kápolnát. Ezt követően helyezte el koszorúját Habsburg József főherceg, Huszár Lajos főpolgármester, valamint a honvédség és az egyházközség képviselői.

A második világháború után a háborús sérüléseket szenvedett a kápolnát a Fővárosi Elektromos Művek használta raktárnak és csak 1978-ban került vissza imét egyházi kézbe. Eleinte hittanteremként működött, majd 1993-ban sikerült a sérült oltárt is restaurálni, és ismét régi helyén fölállítani.

Az oltárépítmény eredete tisztázatlan, föltehetően tiroli fafaragás a 19. század második feléből, de lehetséges, hogy eredeti gótikus és barokk részeket is tartalmaz. Középen a Madonna szobra látható, ölében a kis Jézussal, akiket két oldalról Szent Miklós és Szent Ulrik püspökök fognak közre. A két püspök kezében attribútumaik, a hal, illetve a három alma. Alattuk, az oltár predelláján az angyali üdvözletet, illetve Mária látogatását ábrázoló domborműveket helyeztek el, felül pedig az Atyaisten alakja látható, amely föltehetően egy, a Szentháromságot ábrázoló szoborcsoport megmaradt darabja.

A kápolna északi falán található a kápolnának nevet adó hősi emlékmű, Győri Dezső és Kele József alkotása. Rajta két oldalt a háborúban elhunyt hősi halottak névsora olvasható, középen a fehérmárvány dombormű a sebesült katonát gyámolító Jézust ábrázolja.

Irodalom: La Rosée Erzsébet, Budapest katolikus templomai, Bp., 1938, 28. Koltai András, in A Szent Anna templom és a budai Vívziváros katolikus egyházai, Bp., 2005, 131.